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Vaux-sur-Poligny wurde 1020 vom Grafen von Burgund gegründet und 1029 an Cluny übergeben. Es ist das erste und wichtigste Priorat der Cluniazenser im Jura. Es umfasste 15 bis 20 Mönche und sein Prior war Provinzialkämmerer, der vom Abt von Cluny für die deutsche Provinz ernannt wurde.
Von der romanischen Kirche, die im 13. Jahrhundert vollständig umgebaut wurde, ist nichts mehr erhalten. Die von Kriegen verwüsteten Klostergebäude wurden im 17. und 18. Jahrhundert wieder aufgebaut. Während die Fassade im Benediktinerstil gehalten ist, ist der Kreuzgang im mauristischen Stil gehalten, einem Kompromiss zwischen Klassizismus und den Grundfesten der Gotik.
Das Priorat war das Zentrum eines großen landwirtschaftlichen Anwesens mit mehreren Mühlen, darunter ein Rindenschläger und eine Feinfellmühle für die Chamoiseurs von Poligny. Während der Revolution wurde die Kirche zur Pfarrkirche, bevor sie im 19. Jahrhundert größtenteils wieder aufgebaut wurde. Die Klostergebäude wurden vom Bistum Saint-Claude aufgekauft, das dort ein kleines Seminar gründete, das später zum Collège wurde und heute leer steht.
Im Kreuzgang ist die sogenannte Refektoriumstür ein schönes Beispiel für den gotischen Flamboyantstil. Bei Sondierungen wurden Reste von Fresken freigelegt.
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